第 一 條 本規程依南投縣政府組織自治條例第九條第一項規定訂定之。
第 二 條 南投縣政府衛生局（以下簡稱本局）隸屬南投縣政府，依法辦理本縣衛生醫療管理等業務。
第 三 條 本局置局長，承縣長之命綜理局務，並指揮、監督所屬機關及員工；置副局長一人，襄助局長處理局務。
前項局長或副局長其中一人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。
第 四 條 本局設各科，分別掌理下列事項：
一、醫政科：醫事機構及醫事人員管理、醫療品質管制、緊急醫療救護、精神衛生、自殺防治、山地醫療保健、全民健康保險宣導、營養師管理及其他有關事項。
二、藥政及毒品防制科：藥事機構及藥事人員、藥物、化粧品管理、毒品危害防制及其他有關事項。
三、食品科：食品工廠安全衛生管理、食品衛生管理(食品與食品器具、食品容器、食品包裝、食品添加物之檢驗、標示與廣告管理)、餐飲業衛生管理及輔導、食品安全衛生宣導、消費者保護事項之協助及其他有關食品管理事項。
四、保健科：整合性預防保健、婦幼及優生衛生保健、成人及中老年保健、癌症防治、兒童及青少年保健、菸害防制、社區健康促進、衛生所室重擴建、衛生教育、職業病防治、國民營養及其他有關事項。
五、疾病管制科：傳染病防治、預防接種、營業衛生管理、外籍勞工健康管理及其他有關事項。
六、檢驗科：公共衛生檢驗、衛生所檢驗業務管理及其他有關事項。
七、企劃及長期照護科：衛生所業務管理、衛生企劃、研考、為民服務、資訊、法制作業、新聞業務、長期照護政策、法規及方案之執行、身心障礙鑑定及外籍監護工申請審核及其他有關事項。
八、行政科：文書管理、財產管理、庶務、採購、出納及其他不屬各科事項。
第 五 條 本局置技正、科長、專員、衛生教育指導員、技士、衛生稽查員、科員、技佐、辨事員、書記。
前項主管醫政、藥政及毒品防制、保健、疾病管制及檢驗業務之科長職務，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。
第 六 條 本局設人事室，置主任、科員、助理員，依法辦理人事管理事項。
第 七 條 本局設會計室，置主任、科員、佐理員，依法掌理歲計、會計及統計事項。
第 八 條 本局設政風室，置主任，依法辦理政風事項。
第 九 條 本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第 十 條 本局下設鄉（鎮、市）衛生所，並視業務需要設立有關醫療機構，其組織規程另定之。
第十一條 局長請假或因故不能執行職務時，由副局長代理，副局長同時因故不能代理時，由技正代理。
第十二條 本局設局務會議，每三個月舉行一次，必要時得召開臨時會議，由下列人員組成之：
一、局長、副局長。
二、技正。
三、各科室主管。
四、各衛生所兼主任。
五、本縣慢性病防治所兼醫療組主任。
前項會議由局長召集之，開會時並為主席，必要時得由局長邀請或指定其他有關人員列席或參加。
第十三條 本局分層負責明細表由本局擬訂，報南投縣政府核定。
第十四條 本規程自發布日施行。但中華民國九十七年三月七日修正條文自中華民國九十七年一月四日施行。