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第 一 條
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本規程依據南投縣政府組織自治條例第九條第四項規定訂定之。
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第 二 條
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南投縣家畜疾病防治所（以下簡稱本所），隸屬南投縣政府，依法辦理動物傳染病防治、動物用藥品管理、畜產之衛生檢驗、動物保護等業務。
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第 三 條
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本所置所長，應具獸醫師資格，承縣長之命，兼受南投縣政府農業處處長督導，綜理所務，並指揮監督所屬員工。
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第 四 條
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本所設三課，分別掌理下列事項：
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一、防疫課：
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掌理動物傳染病以及人畜共通傳染病的預防、防疫，流行病之調查研究，疫情預警網路系統，畜殖場衛生防疫輔導，病媒防治、化製場衛生管理等事項。
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二、檢診課：
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掌理動物疾病檢診、衛生保健、健康證明核發，獸醫技術研究及動物用藥品製造、供銷、品質抽驗，畜產之衛生檢驗、動物用藥物殘留檢測及走私畜產的處理等事項。
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三、保護課：
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掌理寵物疾病之預防、防疫、調查研究，寵物登記、狂犬病預防注射、登記、掛牌及營利性寵物繁殖、買賣或寄養業許可登記管理，流浪動物捕捉、收容、處置、遺失協尋、認養，動物保護暨動物福利措施稽查，實驗動物管理等事項。
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第 五 條
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本所置技正、課長、技士、技佐、辦事員。
前項辦理動物防疫業務之技正、課長、技士、技佐均由具獸醫師資格者任之。但本規程施 行前已任用之現職具獸醫佐資格者得不受前述規定之限制。
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第 六 條
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本所置人事管理員，由南投縣政府人事處派員兼任，依法辦理人事管理事項。
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第 七 條
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本所置會計員，由南投縣政府主計處派員兼任，依法辦理歲計、會計及統計事項。
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第 八 條
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本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
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第 九 條
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所長請假或因故不能執行職務時，由技正代行之；技正請假或因故不能執行職務時，依第四條所列單位主管順序代行之。
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第 十 條
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本所分層負責明細表由本所擬訂，報南投縣政府核定。
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