1.中華民國九十年一月十一日南投縣政府90投府法規字第90012933號令訂定發布全文13條；並自發布日施行
2.中華民國九十三年五月十四日南投縣政府府行法字第09300941680號令修正發布第4、6、7、9條條文
3.中華民國九十七年五月二十九日南投縣政府府行法字第09701043230號令發布修正名稱及全文13條；並自九十七年一月四日施行（原名稱：南投縣政府稅捐稽徵處組織規程）
4.中華民國一百零七年十一月五日南投縣政府府行法字第1070245638號令修正發布全文14條及編制表；南投縣政府稅務局組織規程自中華民國一百零七年七月十六日施行，南投縣政府稅務局編制表自中華民國一百零七年七月十六日生效
5.中華民國115年2月5日南投縣政府府行法字第1150031007號令修正發布第6、11、12、14條及編制表；南投縣政府稅務局編制表自中華民國一百十五年二月一日生效