第 一 條 本自治條例依地方制度法第六十二條第二項暨地方行政機關組織準則第三條第二項規定制定之。
第 二 條 南投縣政府（以下簡稱本府）依法辦理縣自治事項，執行上級機關委辦事項及監督鄉（鎮、市）自治事項。
第 三 條 本府置縣長一人，對外代表本縣，綜理縣政，並指揮監督本府暨所屬機關員工。置副縣長一人，襄助縣長處理縣政，由縣長任命，報請內政部備查。縣長卸任、辭職、去職或死亡時，應隨同離職。
第 四 條 本府置秘書長一人，為幕僚長，承縣長、副縣長之命，處理縣政。置參議，掌理縣政諮詢、政策規劃等事項；置消費者保護官掌理消費者保護事項；置秘書，掌理機要、動員、協調、核稿等事項，均受秘書長之指揮、監督。
第 五 條 本府設下列各處，分別掌理有關事項：
一、民政處：掌理自治行政、戶政、役政、禮俗、宗教、殯葬業務及公共造產等事項。
二、財政處：掌理財務行政、公有財產、公共債務、庫款支付、出納、公庫、地方金融管理及菸酒管理等事項。
三、教育處：掌理國民教育、中高等教育、社會教育、特殊教育、體育教育、幼兒教育、家庭教育及學校員生消費合作社管理等事項。
四、建設處：掌理都市計畫、都市發展、建築管理、使用管理、違建拆除、工業、企業輔導、商業、礦業、市場、攤販、公平交易、公用事業、公園綠地、城鄉風貌、社區總體營造、公營事業、國民住宅及營繕工程等事項。
五、工務處：掌理土木工程、農路及產業道路維護、交通行政、交通安全管理業務、道路規劃、交通工程、停車場、下水道、集水區治理、河川公地管理、水利工程、水利設施管理、自來水工程、水資源及土石及礦物資源開發、管理、品質管理及工程查核等事項。
六、觀光處：掌理觀光企劃、長住計畫、觀光事業營運輔導、觀光發展與資源運用及管理、觀光推廣行銷、公共關係及相關之技術工程等事項。
七、農業處：掌理農業發展、農漁會輔導、農業合作社（場）輔導、休閒農業、農產品市場、農產運銷、農民福利與保險、農地利用規劃、農業災害查報處理、畜牧輔導、農業推廣、產銷組織輔導、農業資材管理、農業生物科技發展、林務行政、森林資源、自然生態保育與綠美化、野生動物保護、大地工程、水土保持及山坡地保育及管理等事項。
八、原住民族行政處：掌理原住民族行政、部落永續發展、部落建設及交通改善、推動社會福利工作、改善生活及環境品質、文化保存與維護、經濟事業改善、人力資源、法律扶助、原住民保留地管理與開發利用及原住民保留地森林保育等事項。
九、地政處：掌理地籍、地權、地價、地用、重劃、地籍測量及一般土地行政業務等事項。
十、新聞及行政處：掌理機要、庶務、印信、文書及檔案管理、法制行政、訴願、國家賠償、法律扶助、鄉鎮市調解、新聞、傳播、廣播電視、政令宣達、出版發行、錄影節目帶及電影片映演業管理等事項。
十一、計畫處：掌理綜合設計規劃、施政成果、研究發展、管制考核、為民服務、政府出版品、兩岸事務及資訊行政、規劃、技術、輔導與管理等事項。
前項各處掌理事項，本府得依規定將權限一部分，委託民間團體或個人辦理之；未設處掌理之業務由縣長指定相關單位辦理。
第五條之一 本府各處各置處長一人，承縣長之命，分別辦理各該主管事項，並依地方制度法規定任免之；置副處長一人，承該單位主管之命，襄理處務。
前項各處置科長、技正、專員、督學、社會工作督導、視導、高級分析師、分析師、社會工作師、科員、技士、設計師、管理師、營養師、技佐、辦事員、書記。
第 六 條 本府設人事處，置處長、副處長、科長、專員、科員、辦事員、書記，依法辦理人事管理事項。
第 七 條 本府設主計處，置處長、副處長、科長、專員、科員、辦事員、書記，依法辦理歲計、會計及統計事項。
第 八 條 本府設政風處，置處長、副處長、科長、專員、科員、書記，依法辦理政風業務事項。
第 九 條 本府設警察局、消防局、衛生局、環境保護局、稅務局、文化局、社會及勞動局分別掌理有關事項，其組織規程另定之。
本府所屬二級機關得依業務性質設立之。
第 十 條 （刪除）
第十一 條 本自治條例所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第十二 條 （刪除）
第十三 條 本府得視實際需要，設置事業機構，其組織自治條例由本府訂定，送縣議會審議。
第十四 條 本府及所屬機關除醫院與警察及消防機關外，員額總數最高為一三八九人。
第十五 條 縣長依規定請假，由副縣長代理，副縣長同時因故不能代理時，由秘書長代理。
縣長停職者，由副縣長代理，副縣長出缺或不能代理者，由內政部報請行政院派員代理。
縣長辭職、去職、或死亡者，由內政部報請行政院派員代理。但所遺任期不足二年者，不再補選，由代理人代理至該屆任期屆滿為止。
縣長之辭職，應以書面向內政部提出，由內政部報請行政院核准並自核准辭職日生效。
第十六 條 本府設縣務會議，定期舉行，以下列人員組成之：
一、縣長、副縣長。
二、秘書長、參議、秘書、消費者保護官。
三、處長。
四、所屬一級機關首長。
五、經縣長指定人員。
前項會議由縣長召集之，開會時並為主席，縣長因故不能出席時，由職務代理人擔任主席。
第一項會議，必要時由縣長邀請或指定其他有關人員列席。
第十七 條 縣務會議除工作報告及檢討外，其討論範圍如下：
一、縣自治事項。
二、縣長交議事項。
三、提請縣議會審議案件。
四、縣自治法規。
五、其他有關縣政之重要事項。
前項各款事項之決議，由縣長核定辦理。
第十八 條 本府分層負責明細表由縣長核定後實施。
第十九 條 本自治條例修正條文，除中華民國一百十三年六月二十八日修正公布之第五條第一項第八款及第九條，修正條文自一百十四年一月一日施行外，自修正公布日施行。