1.中華民國八十九年八月四日南投縣政府八九投府法規字第89119490號令訂定發布
2.中華民國八十九年十二月五日南投縣政府八九投府法規字第89190504號令修正公布第4條條文
3.中華民國九十年一月八日南投縣政府九十投府法規字第90008864號令修正發布第12條條文
4.中華民國九十年九月十三日南投縣政府投府法規字第90150602號令修正發布發布第12條條文
5.中華民國九十四年六月十六日南投縣政府府行法字第09401195770號令修正發布第4、5、12條條文；並自發布日施行
6.中華民國九十七年三月二十四日南投縣政府府行法字第09700608800號令修正發布全文12條；並自九十七年一月四日施行
7.中華民國100年8月29日府行法字第10001771220號令修正南投縣政府環境保護局編制表
8.中華民國103年3月6日南投縣政府府行法字第1030041397號令修正發布第4、6、7、8、10條及編制表
9.中華民國104年5月15日南投縣政府府行法字第1040094366號令修正發布全文12條及編制表
10.中華民國104年6月29日南投縣政府府行法字第1040126877號令修正發布第12條及編制表
11.中華民國106年11月7日南投縣政府府行法字第1060230422號令修正發布第5條及編制表，南投縣政府環境保護局編制表並自中華民國106年11月9日生效
12.中華民國114年2月5日南投縣政府府行法字第1140029411號令修正發布第5、9、10條、南投縣政府環境保護局編制表，增訂第7條之1，南投縣政府環境保護局編制表自中華民國一百十四年二月七日生效
13.中華民國115年2月5日南投縣政府府行法字第1150031166號令修正發布第5、9、10、12條及南投縣政府環境保護局編制表，南投縣政府環境保護局編制表自中華民國一百十五年二月一日生效