1.中華民國八十九年八月四日南投縣政府八九投府法規字第 89119490 號
  令訂定發布                                                    
2.中華民國八十九年十二月五日南投縣政府八九投府法規字第 89190504 
  號令修正公布第 4  條條文                                      
3.中華民國九十年一月八日南投縣政府九十投府法規字第 90008864 號令
  修正發布第 12 條條文
4.中華民國九十年九月十三日南投縣政府投府法規字第 90150602 號令修
  正發布發布第 12 條條文
5.中華民國九十四年六月十六日南投縣政府府行法字第 09401195770  號
  令修正發布第 4、5、12 條條文；並自發布日施行
6.中華民國九十七年三月二十四日南投縣政府府行法字第 09700608800  
  號令修正發布全文 12 條；並自九十七年一月四日施行 
7.中華民國100年8月29日府行法字第10001771220號令修正南投縣政府環境保護局編制表
8.中華民國103年3月6日南投縣政府府行法字第1030041397號令修正發布第4、6、7、8、10
  條及編制表
9.中華民國104年5月15日南投縣政府府行法字第1040094366號令修正發布全文12條及編制表
10.中華民國104年6月29日南投縣政府府行法字第1040126877號令修正發布第12條及編制表
11.中華民國106年11月7日南投縣政府府行法字第1060230422號令修正發布第5條及編制表，南投縣政府環境保護局編制表並自中華民國106年11月9日生效
12.中華民國107年8月10日南投縣政府府行法字第1070180875號令修正南投縣政府環境保護局編制表，並自中華民國107年7月16日生效
13.中華民國111年1月3日南投縣政府府行法字第1100303689號令修正南投縣政府環境保護局編制表，並自中華民國111年1月1日生效
14.中華民國111年11月8日南投縣政府府行法字第1110265215號令修正南投縣政府環境保護局編制表，並自中華民國111年9月5日生效